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Information-Theoretic Evaluation for Computational Biomedical Ontologies

Name: Information-Theoretic Evaluation for Computational Biomedical Ontologies
Brand: Springer International Publishing AG
SKU: 05266897
Price: 51.78 EUR
Availability: InStock
Author: Wyatt Travis Clark
ISBN: 9783319041377

Wyatt Travis Clark

Sprache

Englisch

Buch Broschur

Libristo-Code: 05266897

Verlag Springer International Publishing AG, Januar 2014

The development of effective methods for the prediction of ontological annotations is an important g... Vollständige Beschreibung

Libristo-Code: 05266897

125 b

51.78 €

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The development of effective methods for the prediction of ontological annotations is an important goal in computational biology, yet evaluating their performance is difficult due to problems caused by the structure of biomedical ontologies and incomplete annotations of genes. This work proposes an information-theoretic framework to evaluate the performance of computational protein function prediction. A Bayesian network is used, structured according to the underlying ontology, to model the prior probability of a protein's function. The concepts of misinformation and remaining uncertainty are then defined, that can be seen as analogs of precision and recall. Finally, semantic distance is proposed as a single statistic for ranking classification models. The approach is evaluated by analyzing three protein function predictors of gene ontology terms. The work addresses several weaknesses of current metrics, and provides valuable insights into the performance of protein function prediction tools.

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Informationen zum Buch

Vollständiger Name Information-Theoretic Evaluation for Computational Biomedical Ontologies

Autor Wyatt Travis Clark

Sprache

Englisch

Einband Buch - Broschur

Datum der Veröffentlichung 2014

Anzahl der Seiten 46

EAN 9783319041377

ISBN 3319041371

Libristo-Code 05266897

Verlag Springer International Publishing AG

Gewicht 1007

Abmessungen 155 x 235 x 7

Kategorie

EDV und Informationstechnologie > Informatik > Künstliche Intelligenz > Mustererkennung

Medizin > Vorklinische Medizin, Grundlagenwissenschaften > Genetik, Medizin

Mathematik und Naturwissenschaften > Biologie, Biowissenschaften > Biowissenschaften, allgemein

EDV und Informationstechnologie > Computerprogrammierung und Softwareentwicklung > Algorithmen und Datenstrukturen

EDV und Informationstechnologie > Informationstechnik (IT), allgemeine Themen

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